企业经营到一定规模时，多数会设立子公司或分公司，而设立子公司或分公司在税收的谋划上是不同的。
建立子公司一般需要复杂的手续，财务制度较为严格，必须独立开设账簿，并需要审计和证明。经营亏损不能冲抵母公司利润，与母公司的交易往往是税务机关反避税审查的重点内容。
分公司是指公司独立核算的、进行全部或部分经营业务的分支机构，如分厂、分店等。分公司是企业的组成部分，不具有独立的法人资格。
《企业所得税法》第五十条规定：“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。”
汇总纳税是指一个企业总机构和其分支机构的经营所得，通过汇总纳税申报的办法实现所得税的汇总计算和缴纳。
子公司是对应母公司而言的，是指被另一家公司（母公司）有效控制的下属公司或者是母公司直接或间接控制的一系列公司中的一家公司。子公司是一个独立企业，具有独立的法人资格。
子公司独立核算自负盈亏，通常要履行与该国其他居民企业一样的全面纳税义务，同时也能享受所在国为新设立公司提供的免税期或其他税收优惠政策。
分公司可以与总公司汇总缴纳企业所得税，设立分支机构，因不具有法人资格，可由总公司汇总缴纳企业所得税。这样就可以使总、分公司之间盈亏互抵，合理减轻总体税收负担。
固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；
经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
实务中，有的公司总分机构不在统一区县，但为了统一的增值税管理，需要总公司汇总缴纳增值税。
这时候，必须要单独向总机构所在的税务机关进行申请，未经批准的话，还得遵从属地纳税，分别向各自所在地主管税务机关申报纳税。
分公司的亏损可以由总公司的利润弥补。如果预计总公司盈利、新设分支机构可能出现较长期间的亏损时，建议选择总分公司模式。
1、从集团公司便于管理的角度，同行用总分公司，上下游用母子公司。
2、如果分公司所在地区有力度较大的企业所得税优惠（比如，税收返还、所得税减免等），则当分公司开始盈利后，可变更注册为子公司，子公司独立缴纳企业所得税，可享受当地的税收优惠政策。
比如：分公司如果有法律风险，很容易牵连到总公司，影响总公司股价等；而子公司由于独立盈亏，出现税收风险及相关法律责任，对母公司影响较小或没有影响。